为优化高架运营服务，南京持续完善管理规则。2025年7月新修订的《南京市轨道交通条例》明确"车厢内禁止进食（婴幼儿、病人除外）"，但允许饮水及饮用奶茶等饮料，显著提升高架段长途乘车的舒适性6。同时，针对高架站成本低、郊区适配性的特点，南京在新一轮中调整策略：在建的5号线、6号线、9号线及11号线一期均以地下站为主，仅11号线预留1座高架站，重心转向主城区线网加密41112。
设备故障应急管理同样关键。2025年2月，10号线江心洲至临江段因地下水渗入导致设备故障，南京启动区间封闭抢修，采用小交路运行（安德门—博园、浦口万汇城—雨山路）并安排公交接驳滞留乘客。经院士专家组评估风险消除后，于3月1日恢复全线运营810。此次体现了高架与地下衔接段的地质风险管控需求。
高架运营的协同调试亦需精细组织。2025年7月，为接入7号线中段（应天大街—幕府西路），南京首次既有高架段（北段幕府西路—仙新路、南段西善桥—应天大街）运营40天，集中开展信号系统割接与联调，为年底全线贯通奠定基础12。
- S6号线（宁句城际）：全长47.27公里，设19座车站中11座为高架站，贯穿江宁区至句容413。
- S7号线（宁溧线）：全长30.16公里，高架段占19.82公里，设4座高架站，连接空新城江宁站与溧水区16。
- S9号线（宁高线）：全长52.42公里，设6座车站中5座为高架站，服务溧水、高淳区域414。
高架运营面临独特的自然环境挑战。2024年1月，浓雾导致能见度低于200米，南京对全线网地面及高架区段实施临时限速，列车大面积延误，部分乘客通勤受阻4。同年9月，台风"贝碧嘉"登陆，南京于12:00起紧急所有地面及高架区段，包括S8号线（泰山新村至金牛湖）、S9号线（翔宇路南至高淳）等线路，并通过公交接驳疏导客流715。此类天气凸显高架段对气象条件的高度性。
南京高架运营体系是城市轨道交通的重要组成部分，其覆盖范围广泛且具有鲜明的地域特征。截至2025年，南京已开通13条线路，全线点中高架站占比近27%（共58座），显著高于内同类城市如广州（不足10%）、深圳（约12%）及杭州（仅3%）4。高架线路主要分布于连接主城区与副中心的市域线上，例如：
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